Les juridictions financières fondent leurs décisions sur trois grandes valeurs : l’indépendance de la chambre et des magistrats, la contradiction avec l'organisme contrôlé et la collégialité des décisions.
L’indépendance des juridictions financières tient aussi à l’indépendance de leurs membres.
Le principe d’indépendance, garanti par la Constitution de 1958, s’appliquait au départ à la seule autorité judiciaire avant d’être étendu par la jurisprudence à toutes les juridictions, dont la Cour des comptes et les chambres régionales des comptes.
Ce principe, qui s’applique à tous les magistrats, doit s’entendre comme l’absence de toute pression et de toute influence dans l’exercice de leurs fonctions, aussi bien au cours de l’instruction qu’au moment des délibérations.
L’indépendance s’exerce donc à l’égard du pouvoir politique, comme des intérêts économiques ou financiers.
Elle doit également être respectée en interne, par le président de la juridiction et les présidents de sections, qui ne disposent pas de voix prépondérante dans les délibérations.
Concrètement, l’indépendance se manifeste au travers de plusieurs garde-fous.
Ainsi, en dehors du président de la CRC, nommé pour une durée maximale de sept ans, tous les magistrats sont inamovibles, ce qui signifie qu'ils ne peuvent recevoir d'affectation nouvelle sans leur consentement, même en cas d'avancement.
Des règles de déontologie s’appliquent à tous les magistrats.
Un serment professionnel et une déclaration d’intérêts doivent être effectués par les magistrats lors de leur prise de fonctions.
Enfin, en cas de doute, les juridictions financières disposent d’un collège de déontologie qui peut les éclairer sur toute question ayant trait à l’indépendance et à la déontologie.